Enrique II de Trastámara concedió a Juan Ramírez de Arellano por su ayuda en la lucha contra Pedro I el Cruel, el señorío de Cameros (1366) estando incluido en él Viniegra de Arriba (entonces Viniegra de Suso). Posteriormente perteneció a los Condes de Aguilar e Inestrillas hasta 1811, cuando se abolieron los Señoríos; según aparece ilustrado en el Catastro del Marques de la Ensenada del año 1751. En 1811 pasó a pertenecer a la Provincia de Soria hasta que se crea la Provincia de Logroño el 30 de Noviembre de 1833. A finales del siglo XVI, Viniegra de Arriba contaba con 400 habitantes, el censo que facilitaban los Obispos de su diócesis.
A 300 metros del casco urbano, en el Collado de San Miguel se encuentra una Necrópolis Romana, descubierta por el ya fallecido, Antonino Burgos Martínez, catedrático de historia e hijo ilustre del pueblo ; se trata de un conjunto de tumbas que pueden datar del siglo I.